Les intrigues du projet Touhou tournent autour des phénomènes étranges qui ont lieu dans le royaume imaginaire de Gensokyo (幻想郷, littéralement Village d'Illusion ou Village imaginaire).
Gensokyo est situé en extrême orient. Il y a bien longtemps, c'était un endroit désolé hanté par des youkai qui se jetaient sur les voyageurs perdus qui y passaient. Rapidement, des exorcistes y furent envoyés pour résoudre le problème des youkai et finirent par s'installer dans la zone pour les contrôler. Alors que la civilisation humaine avançait ailleurs, les concepts tels que les youkai y furent considérés comme des superstitions non scientifiques. Gensokyo fut alors scellé par des prêtres et fut petit à petit oubliée.
À cause du sceau, cette communauté isolée développa sa propre civilisation. Contrairement au monde extérieur, les qualités magiques et spirituelles prévalent sur la science et alors que les youkai et les humains coexistent, ils se combattent toujours. Le seul passage connu du monde extérieur vers Gensokyo est le Temple Hakurei, à la frontière de Gensokyo. Le sceau s'est affaibli toutefois à cause de l'expansion urbaine du monde extérieur, et de plus en plus d'humains ont été capable d'aller à Gensokyo depuis le monde extérieur.